生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。